Zweck der Stiftung ist die Förderung der kulturellen, sozialen und politischen Jugendbildungsarbeit. Mit der Stiftung wird der völkerverbindende Gedanke der europäischen Einigung bei Jugendlichen in der Ostseeregion gefördert. Außerdem wird durch die Stiftung der Erwerb zusätzlicher Qualifikationen für junge Menschen unterstützt - inklusive der Aneignung sprachlicher und interkultureller Kompetenz im Rahmen von Jugendaustauschmaßnahmen. Mit der Ostsee-Jugendstiftung geht es um die Schaffung einer flexiblen und unbürokratischen Finanzierungsquelle für Aktivitäten, die mangels anderer Zuschüsse sonst nicht stattfinden können.

Der Stiftungszweck wird durch die Förderung von Jugend und Praktikantenaustausch, durch Projekte und eigene Vorhaben verwirklicht. Ein Rechtsanspruch auf Zuwendungen besteht nicht. Das Kuratorium berät über den Einsatz von Stiftungsmitteln.