Die Ostsee-Jugendstiftung ist eine anerkannte, gemeinnützige, unselbständige Stiftung. Ihre Vermögensverwaltung erfolgt durch die Stiftung Jugendarbeit Schleswig-Holstein. Diese ist als Treuhänder im Außenverhältnis ausschließlich handlungsbefugt. Über die Verwendung der Stiftungsmittel im Sinne des Stiftungszwecks entscheidet das Kuratorium der Stiftung. Mitglieder des Kuratoriums sind Vertreter des Landesjugendrings Schleswig-Holstein, der Jugendarbeit der Ostseeregion und ein Landtagsabgeordneter aus Schleswig-Holstein. Die Mitglieder des Kuratoriums sind ehrenamtlich tätig.